一些研究報告稱，與ES細胞相比，數百個基因在iPS細胞中異常表達，而iPS細胞能夠通過四倍體胚胎互補生成全為iPS細胞的小鼠來滿足關于發育潛力的zui為嚴格的測試之一。

為了用zui少量的涉及因子來回答這一問題，Stadtfeld等人對在遺傳上相同的小鼠ES 和 iPS細胞中的基因表達進行了比較。他們發現，mRNA 和 microRNA總體表達模式是無法區分的，少數轉錄體和少于20個由12qF1染色體上一個印記基因簇編碼的microRNA除外。iPS細胞的發育潛力取決于基因在這個點上是被關閉（沉默）還是處于活躍狀態。

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